Palazzo San Francesco, ora sede del Comune, era - facile intuirlo - un convento francescano, con annessa chiesa.
La tradizione cittadina - un esempio nella breve monografia inedita scritta dal can. Vincenzo Piccoli nella prima metà del XIX sec. - vuole che sia stato lo stesso santo di Assisi, di passaggio per la città nel 1222, a fondarvi una chiesa intitolata a Santo Stefano, sulla quale, meno di cinquant'anni dopo, sarebbe stata eretta la chiesa di San Francesco, con annesso convento (1262 o, al più tardi, 1267).
Particolare, nella chiesa attuale, è la cappella intitolata a Sant'Antonio da Padova, detta tradizionalmente Cappellone perché di dimensioni non inferiori alla fabbrica principale (nell'immagine, la cappella è quella che taglia longitudinalmente il corpo della chiesa, quasi uno sproporzionato, e monco, transetto).
Come testimoniato dal testo che segue (presente in originale nell'Archivio storico comunale, presso questa biblioteca), la Cappella di Sant'Antonio esiste con questa intitolazione almeno dal 1400.
«Faccio fede io Regio Notar Luca Colambassi di questa Città di Isernia, qualm. avendomi il m. Rev. P. Luigi Mastrojacovo attual Guardiano del Convento di S. Fran. de’ min: Conventuali della medesima città esibito un libro in cui sono registrate tutte le scritture che si contengono nel quinto volume, appartenenti al Conto sud.to, nello stesso libro, principiando dal foglio primo, per infino al quarto, vi è copia in forma valida di istrom. della concessione che i PP. dell’istesso convento fecero a i confratelli della Confraternita di S. Antonio da Padova, del luogo, seu Cappella, dove poner si dovea esso Santo; e fra gli altri patti e condizioni apposte in d. istromento stipulato sotto il dì primo di marzo dell’anno mille e quattrocento, precedente assenso del P.Provinciale di quel tempo, ed anche come Commissario del Ministro generale, vi sono i seg.
Item, che lo Priore di d.a Confratanza debba sempre essere delli detti ordini di S.Fran.co, et eseguire e perseverare la d.a confratanza sempre nella detta Cappella, secondo le debite ammonizioni dello d.o Priore, il quale da tutti si debba onorare e servire, come è convenevole, e tutto secondo lo tenore, e continenzia delli Capitoli dell’osservanza delli d.i Confrati, dico Confrati.
Altro patto nel corpo dell’istromento. Ben vero d.i Confrati non possono in nullo tempo intrare, e uscire alla d.a Cappella in altra porta che in le porte consuete e debite della Chiesa di S. Franc.
Siccome tutto ciò appare dalla citata copia in forma valida d’istrom. alla quale mi riporto, ed in fede richiesto, ho segnato.
Isernia, li 27 agosto 1781
N. Luca Colambassi»